中介公司扣40%工资是否合法？

不合法。依据《中华人民共和国劳动法》，用人单位应足额支付劳动报酬，离职时应结清工资。扣40%工资无法律依据，严重损害劳动者权益，可能导致劳动者生活困难及法律纠纷。
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常见处理方式为协商或诉讼。首先尝试与中介公司协商解决，若协商无果，可通过法律途径提起诉讼，要求支付被扣工资。选择时需考虑效率与成本，协商更快但可能结果不尽人意，诉讼耗时但更具权威性。
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不合法，应维权。具体操作：1.收集证据，如合同、工资条等；2.与中介沟通，要求解释扣款原因并补发工资；3.若沟通无果，向劳动监察部门投诉；4.必要时，提起劳动仲裁或诉讼，维护自身合法权益。